O Laboratório de Ictiologia objetiva estudar de forma integrada, utilizando o estuário da Lagoa dos Patos e as regiões oceânica costeira e limnica adjacentes como pontos de comparação, a ecologia e sistemática das espécies de peixes que ocorrem nas lagoas costeiras e estuários do Rio Grande do Sul. Visa também, fornecer subsídios para a correta administração ambiental na região.
Foi no final da década de 70’ que o Laboratório de Ictiologia da FURG iniciou estudos sistemáticos sobre a ictiofauna do Estuário da Lagoa dos Patos, através de coletas de campo mensais entre 1979 e 1984 em vários pontos da região. Essas pesquisas permitiram entender o ciclo de vida e os padrões de migração das espécies dominantes na região. Na década de 90, novos estudos ampliaram esses conhecimentos, especialmente a importância dos hábitats estuarinos para os peixes. A partir de 1996, o laboratório deu início ao monitoramento continuado da ictiofauna no estuário através de coletas mensais nas zonas rasas, o qual se estende até os dias atuais. A partir de 1999 esse monitoramento foi integrado ao Programa de Estudos Ecológicos de Longa Duração (PELD). Com a integração do banco de dados históricos (1979-1984) e do PELD (1996-até o presente), o laboratório tem realizado pesquisas que vem elucidando vários padrões ecológicos plurianuais e inter-decadais, e alguns dos fatores ambientais (p.ex., hidrologia e padrão de salinização) que controlam a fauna de peixes, bem como seus reflexos sobre a produção pesqueira da região. Além disso, essa integração permitiu a avaliação de efeitos de fatores antrópicos (p.ex., variações no esforço de pesca, obras de expansão portuária) sobre a ictiofauna estuarina. Recentemente, foi inaugurada no laboratório uma nova linha de pesquisa que utiliza a análise de isótopos estáveis como ferramenta na investigação da teia alimentar estuarina. A partir do uso combinado de isótopos estáveis e da análise tradicional do conteúdo estomacal de peixes, esta linha de pesquisa busca alcançar estimativas mais acuradas sobre a estrutura e dinâmica da teia alimentar estuarina, incluindo os principais elos tróficos entre produtores primários e consumidores e suas relações com ambientes limnicos e marinhos adjacentes.
Em suma, o laboratório de Ictiologia da FURG atua em diversas linhas de pesquisas, tais como: Bio-Ecologia de peixes; Estudos de Longa duração e sua relação com os fenômenos climáticos, Pesca, e Ecologia Trófica.