A estratégia amostral representa um compromisso entre o esforço necessário para a resolução de escalas espaciais e temporais curtas, e a continuidade do projeto a longo prazo. As coletas de plâncton serão realizadas mensalmente nas mesmas seis estações amostradas na fase PELD 2009-2012 (áreas de amostragem). Além disto, na região mais dinâmica do estuário, sua desembocadura, as amostras serão obtidas durante 3 dias consecutivos a cada 3 horas durante a primavera ou verão, período de maior atividade reprodutiva dos peixes na região. Isto permitirá a
obtenção de réplicas representativas das perturbações esperadas, propiciando a precisão necessária para a compreensão dos mecanismos de troca no estuário e recrutamento de organismos planctônicos. No orçamento mínimo, as coletas serão realizadas em apenas três estações e a resolução em curta escala não será avaliada. O ictioplâncton será coletado com rede cônica de 300μm, arrastada manualmente na zona de praia. Estas redes serão dotadas de fluxômetro para a estimativa do volume filtrado. Concomitante a todas as
estações, serão obtidas informações sobre temperatura e salinidade. O material coletado com redes será preservado com formalina 4% e/ou alcool 100% dependendo da finalidade do estudo. A identificação, contagem e determinação da morfometria serão realizadas em microscópio estereoscópico acoplado a sistema de análise de imagens. As espécies chave serão as mais abundantes no ictioplâncton do estuário e aquelas relacionadas com água doce e água salgada: savelha (Brevoortia pectinata); majubão (Lycengraulis grossidens); corvina (Micropogonias furnieri); mandi (Parapimelodus nigrebarbis); e peixe-espada (Trichiurus lepturus).